Lê Công Tuấn Anh sinh ngày 2 tháng 2 năm 1967 (23 tháng 12 năm Bính Ngọ) tại thành phố Sài Gòn. Tên thường gọi của anh là Lê Công.[1]

Lê Công Tuấn Anh có cả ba và mẹ đều là người Huế. Ngay từ khi còn rất nhỏ đến năm 10 tuổi, Lê Công Tuấn Anh sống cùng bà nội. Nhưng sau đó, ba mẹ của Lê Công Tuấn Anh đã chia tay. Ban đầu, Lê Công ở với ba, nhưng vào ngày 3/1/1977, ba của Lê Công đột ngột qua đời, sau đó anh theo mẹ (bà Nguyễn Thị Vinh) về ở tại chợ cũ phường Tam Hòa, thành phố Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai và theo học lớp 6, 7 tại trường cấp I, II Tam Hòa A (nay là Trường THCS Bình Đa), nhưng không lâu sau đó, anh bị mẹ bỏ rơi với lý do tái giá và theo chồng về sống tại Vũng Tàu, có một cô con gái riêng với chồng sau tên Kim Anh. Năm 1980–1981, 1981–1982, căn cứ lời khai trong lý lịch khi nhập học thì Lê Công Tuấn Anh là người theo đạo Thiên Chúa; tên thánh của anh là Philippe.[2][2]

Sau cú sốc gia đình đổ vỡ vào năm lên 10, thời điểm này trở thành những ngày tháng tối tăm nhất trong cuộc đời của Lê Công Tuấn Anh.[3]

Anh bắt đầu cuộc sống như một đứa trẻ bụi đời, lang thang; tuổi thơ của anh gắn liền với bụi đường hè phố; cuộc sống vô cùng vất vả. Hằng ngày, anh kiếm sống bằng các công việc vặt như bán báo dạo, đánh giày… và thậm chí trước đó có lúc phải đi ăn xin.[2]

Năm 12 tuổi, Lê Công được đưa vào Trường Giáo dục thiếu niên 3 vào năm 1979. Ở đây, Lê Công Tuấn Anh được học văn hóa và học nghề dưới sự chăm lo của "bà Phước". Ở trường, nhờ vào tính cách hiền lành, chịu khó, siêng năng nên Lê Công Tuấn Anh được các thầy yêu mến. Và cũng nhờ ngoại hình ưa nhìn nên anh được chọn giúp việc cho phòng y tế của trường.[2]

Anh làm việc rất chăm chỉ và thông minh, vì thầy chỉ cần nói một lần là anh nhớ chính xác tên thuốc và công dụng của thuốc. Ở trường, anh là trợ lý đắc lực cho thầy giáo Mến – Trưởng phòng y tế của trường. Ban ngày anh làm việc ở trường, còn tối thì về trại ngủ.[2][3]

Một thời gian sau, anh được một người cô ruột là bà Lê Thị Ngoan, 63 tuổi bảo lãnh đưa về nuôi dưỡng tại nhà gia đình người cô này, trú tại số 48 đường Huỳnh Tịnh Của, Quận 3. Chính giai đoạn này đã khiến cuộc đời Lê Công Tuấn Anh thực sự thay đổi.[3][2]

Mặc dù nhà người cô tuy nghèo, nhưng Lê Công vẫn được cô cho đi học. Lê Công học cấp II tại trường Trung học Tân Định, Quận 3 đến năm lớp 9. Sau đó, anh đi học nghề thợ hàn tại Trung tâm Dạy nghề Q.3. Tại đây, năng khiếu về nghệ thuật của anh bắt đầu bộc lộ.[2]

Anh đạt được nhiều giải thưởng trong các cuộc thi diễn văn nghệ quần chúng về cho trường. Trong đó, đáng chú ý là vở kịch Ngộ nhận do anh làm đạo diễn kiêm diễn viên chính và tác giả kịch bản đạt được giải thưởng cao.[2][3]